Systemdokumentation beskriver hur företagets redovisningssystem är uppbyggt och hur information behandlas i det. Den ska göra det möjligt att förstå exempelvis dataflöden, kopplingar, kontroller och hur bokförda uppgifter kan tas fram.
När systemdokumentation används i bokföringen behöver det finnas ett tydligt samband mellan registreringen och det underlag som ligger bakom. Det gör att en annan person kan förstå vad som har hänt utan att känna till affären sedan tidigare.
Kontroll handlar därför inte bara om att summan är rätt. Datum, konto, motpart och förklaring behöver också vara rimliga, och eventuella rättelser ska kunna följas i efterhand.
För systemdokumentation är en praktisk kontroll att bokföringen och underlaget berättar samma sak. Om uppgiften rättas i efterhand bör även rättelsen vara spårbar, så att den ursprungliga registreringen inte försvinner utan förklaring.
När systemdokumentation kontrolleras bör det gå att följa posten i båda riktningar: från rapporten tillbaka till underlaget och från underlaget fram till det bokförda saldot.